薬局経営は“医療”だけじゃない。「薬局の会計・資金繰り・消費税」実務ガイド

はじめに

こんにちは、新宿区西新宿の税理士法人阿部会計事務所の税理士阿部です。

薬局（調剤薬局・保険薬局）の経営は、地域医療を支える重要な仕事です。

一方で、会計・税務の面では、一般の小売業とは違う“独特のクセ”があります。

典型例が、保険未収金（診療報酬・調剤報酬）の入金タイムラグ、

実地在庫の難しさ（薬の種類・ロット・期限）、そして消費税の課税・非課税が混在する処理です。

「売上はあるのにお金が増えない」「棚卸が合わない」「消費税がよく分からない」――

この3つは、薬局で特に相談が多いテーマです。

本記事では、①保険未収金の管理、②実地在庫、③消費税の処理について、

基本から実務ポイントまで親しみやすく整理します。

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① 保険未収金の管理（請求月の2ヶ月後に入金）

〜薬局の資金繰りは“売上”ではなく“入金サイクル”で決まる〜

薬局の売上の大きな部分は、調剤報酬等の保険請求により発生します。

ここでの最大の特徴は、請求してから入金までタイムラグがあることです。

ご提示のとおり、一般的に「請求月の2ヶ月後に入金」というサイクルになりやすく、

これが資金繰りに大きく影響します。

1) 「売上」と「入金」がずれるのが当たり前

例えば、

• 4月に調剤して請求
• 入金は6月
  という形になります。売上は4月に立っているのに、現金は6月まで入ってきません。

このズレがあるため、薬局経営では次のような現象が起きます。

• 売上は増えているのに、仕入（薬剤）支払いが先に来て資金が苦しい
• 開局直後に資金が足りない（売上はあるのに入金が遅い）
• 月末・賞与時期・納税時期に資金が一気に減る

つまり、薬局は「売上管理」だけでなく、資金繰り管理がほぼ必須の業種です。

2) 保険未収金の管理は“月次で残高確認”が基本

保険未収金は、放置すると気づかないうちにズレます。実務で押さえるべきは次の3点です。

• 月次で「保険未収金残高」を確認する
• 入金があったら「どの請求月分か」を突合する
• 返戻・査定があった場合の調整を必ず記録する

薬局の現場では、レセプトの返戻や査定が発生することがあります。

これが未収金のズレの原因になりやすいので、

“返戻・査定は未収金管理の一部”として扱うのがコツです。

3) 資金繰りの要は「2ヶ月分の売上」と「薬剤仕入」のバランス

薬局経営の資金繰りは、ざっくり言うと
「2ヶ月分の売上（入金待ち）」を抱えながら、薬剤仕入を回す」構造です。
そのため、以下が重要になります。

• 薬剤仕入の支払い条件（サイト）の把握
• 月次で入金予定表を作る（請求月→入金月の対応）
• 賞与・納税など大きな支出の月を前倒しで準備する

このあたりが整うと、「今月は黒字なのに資金が足りない」状態が激減します。

4) 具体的なおすすめ管理表（簡易でOK）

• 請求月別 入金予定一覧（例：4月請求→6月入金）
• 保険未収金残高の推移表（月末残高を並べるだけ）
• 返戻・査定メモ（日付・金額・理由・対応）

Excelで十分です。大事なのは、作り込みより“毎月更新できる仕組み”です。

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② 実地在庫（発注管理から実地棚卸まで）

〜薬局の在庫は“資産”であり“リスク”でもある〜

薬局の在庫（医薬品在庫）は、一般の小売より管理難度が高いです。理由は、

• 品目数が多い
• 単価差が大きい
• 使用期限・ロット管理が必要
• 返品・廃棄のルールがある
  など、現場での取り扱いが複雑だからです。

しかし、在庫管理を整えると、次のメリットが出ます。

• 棚卸差異（合わない）が減る
• 在庫過多が減って資金繰りが改善
• 廃棄ロスを抑えられる
• 不正・紛失のリスクが下がる

1) 発注管理：まずは“在庫の基準”を作る

発注の理想は、経験だけに頼らず、最低限のルールを作ることです。
例えば、

• 最低在庫（安全在庫）
• 発注点（ここを切ったら発注）
• 最大在庫（これ以上持たない）
  の3つを品目ごとに持てると強いです。

全品目でやるのは大変なので、最初は

• 高額薬
• 使用頻度が高い薬
• 期限切れが起きやすい薬
  から始めると効果が出ます。

2) 実地棚卸：年1回ではなく“半期”が現実的に強い

決算では期末棚卸が必須ですが、薬局の場合は年1回だけだと差異が溜まりやすいです。

可能なら「半期」または「四半期」で部分棚卸を入れると、誤差の原因を早めに潰せます。

実地棚卸でやることはシンプルです。

1. 現物数量を数える
2. 帳簿数量と突合する
3. 差異の原因を分類する（入力ミス、破損、廃棄、返品処理漏れ等）
4. 帳簿を修正する

ここで重要なのは、「差異を出さない」より「差異の理由を見える化する」こと。

原因が見えれば、次から減ります。

3) 使用期限・廃棄・返品：棚卸の“落とし穴”

薬局在庫は、期限切れや破損によって販売（調剤）できないものが発生します。

棚卸の時に「在庫として残っているけど、実態は使えない」状態があると、資産が過大になります。

• 期限切れ → 廃棄処理（帳簿から除外）
• 返品可能 → 返品処理を完了させる
• 返品不可 → 廃棄・評価の検討

この整理ができると、期末在庫が“現実に近い数字”になり、利益も資金繰りも読みやすくなります。

4) 実務のおすすめ運用（小さく始める）

• 高額薬だけは毎月在庫確認
• 廃棄・破損は発生時に即メモ＋帳簿反映
• 返品処理は月次締めで残件ゼロ
• 棚卸は「全量」ではなく、重要品目から段階的に

完璧を狙うと続きません。“続く仕組み”が勝ちです。

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③ 消費税法上の処理（課税と非課税が混在、控除対象外消費税等）

〜薬局は消費税が「混ざりやすい」業種。まず分けるのがコツ〜

薬局では、消費税の取り扱いが分かりづらくなりやすい理由があります。

それは、課税取引と非課税取引が混在しやすいからです。

1) 課税・非課税が混在すると何が起きる？

消費税は、課税売上に対して預かった消費税から、仕入等で払った消費税を差し引いて計算します。

しかし、非課税売上が混ざると、仕入税額控除が全額取れず、

いわゆる控除対象外消費税等が発生しやすくなります。

簡単に言うと、
「払った消費税の一部が、引けなくなる」
ことがある、ということです。

2) レジ・会計で“区分管理”が最重要

薬局では、

• 保険調剤に関する収入
• OTC（一般用医薬品）等の物販
• 健康食品・雑貨等
  など、複数の収入が出ます。ここを会計上きちんと区分できるかが鍵です。

最低限、

• 課税売上（物販など）
• 非課税売上（保険調剤など）
  を分けて集計できる仕組みを作りましょう。POSやレセコンとの連携がある場合は、部門設定を整えるのが近道です。

3) 控除対象外消費税等：簡単な考え方

課税売上と非課税売上が混在する場合、仕入・経費に含まれる消費税を

• 課税売上に対応する部分（控除できる）
• 非課税売上に対応する部分（控除できない）
  に分ける必要が出てきます。

この「控除できない部分」が、控除対象外消費税等のイメージです。

実務では、共通経費（家賃、光熱費など）を一定の按分で処理することが多く、

ここが消費税計算の難所になります。

4) インボイスや課税事業者の選択も絡む

課税事業者か免税事業者か、インボイス登録の有無、簡易課税の適用可否など、

制度選択で税負担が変わるケースもあります。薬局は設備投資や薬剤仕入の金額が大きくなりやすいので、

「どの制度が有利か」は一度試算する価値があります。

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まとめ：薬局の数字は「未収・在庫・消費税」を整えると一気に強くなる

薬局経営の会計・税務で、特に重要なのは次の3点です。

1. 保険未収金：入金サイクル（請求月の2ヶ月後）を前提に、月次で残高と入金を突合
2. 実地在庫：発注ルール→部分棚卸→期限・廃棄・返品の整理で差異を減らす
3. 消費税：課税・非課税の区分管理を徹底し、控除対象外消費税等を意識する

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